Wie fast schon Gewohnheit musste man auch im Viertelfinale zuerst zuhause antreten. Mit dem FC Valencia erwischte man ausgerechnet den Verein, der Bayern München bereits in der 1. Runde rausgeworfen hatte. Aber man hatte weniger Mühe als erwartet, dominierte zuhause und gewann mit 2:0. Nach dem 1:1 in Valencia war das Halbfinale erreicht.
Hier musste man als erstes auf die Sonneninsel zu CD Teneriffa reisen. Trotz Überlegenheit gab es dort eine 0:1 Niederlage. Auch im Rückspiel tat man sich schwerer als erwartet und es dauerte bis zur 70. Minute ehe das 1:0 fiel. Somit musste die Verlängerung her, in der Schalke in der 105. Minute das entscheidende 2:0 erzielte.
Es war die letzte Saison, in der der UEFA-Cup noch in zwei Endspielen entschieden wurde. Wie schon üblich musste man auch hier zuerst wieder zuhause antreten. Gegner war niemand anderes als der FC Internationale Milano, der als haushoher Favorit galt. Zuhause aber bot man eines der bis dahin besten Spiele und gewann durch ein Tor von Marc Willmots in der 70. Minute mit 1:0.
Zum Rückspiel im Stadion Giuseppe Meazza /Mailand waren sage und schreibe 30.000 Schalker angereist. Vor insgesamt 85.000 Zuschauern verlief das Spiel für Schalker besser als erwartet. Dennoch erzielte Mailand 5 Minuten vor dem Abpfiff das 1:0, sodass es in die Verlängerung ging, in der es aber bei diesem Ergebnis blieb.
Im entscheidenden Elfmeterschießen behielt Schalke die Oberhand und gewann mit 4:1.
Elfmeterschießen: 0:1 Anderbrügge, Zamorano (Lehmann hält), 0:2 Thon, 1:2 Djorkaeff, 1:3 Max, Winter (am Tor vorbei), 1:4 Wilmots